Pseudogénomique d’un poisson aveugle.
La nature et la distribution d’allèles non fonctionnels suggèrent deux événements indépendants à l’origine des populations de poissons des cavernicoles d’Astyanax mexicanus Plusieurs études suggèrent que les populations de poissons cavernicoles d’Astyanax mexicanus se sont installées à la fin du Pléistocène. Cela implique que les changements phénotypiques les plus visibles chez ces poissons cavernicoles, la cécité et la dépigmentation, ainsi que d’autres caractères importants pour la vie dans les grottes, ont évolué rapidement.
En utilisant les génomes publiés de 47 poissons Astyanax cavernicoles de la Cueva de El Pachón, El Sótano de la Tinaja, La Cueva Chica et El Sótano de Molino, nous avons recherché des mutations perte de fonction putatives dans des ensembles de gènes précédemment définis, c’est-à-dire la vision , les gènes de l’horloge circadienne et de la pigmentation, ainsi que dans l’ensemble du génome. Parmi 512 gènes présentant des allèles putatifs non fonctionnels ségrégeant chez les poissons cavernicoles et qui sont absents chez les poissons de rivière de la même espèce, nous avons observé un enrichissement en gènes de « perception visuelle ». Parmi les populations de poissons cavernicoles distribuées géographiquement dans différentes chaines de montagnes, différents niveaux de partage d’allèles non fonctionnels ont été trouvés.
En utilisant un sous-ensemble de 12 gènes présentant des mutations perte de fonction, nous avons étendu l’analyse des pseudogènes partagés à 11 populations de grottes en utilisant nos bibliothèques d’échantillons sauvages. Nous confirmons que très peu d’allèles non fonctionnels sont présents dans un large ensemble de gènes de vision, conformément à l’idée d’une origine récente des populations cavernicoles d’ Astyanax mexicanus. En outre, l’analyse à l’échelle du génome indique un enrichissement des allèles perte de fonction dans les gènes avec des termes GO liés à la vision, ce qui suggère que la perception visuelle serait la fonction principalement affectée par les pertes de gènes pendant la colonisation de l’environnement souterrain. La répartition géographique des allèles perte de fonction suggère que les populations des grottes de la Sierra de Guatemala et de la Sierra de El Abra partagent une origine commune, suivie d’une évolution indépendante sur une longue période.
The nature and distribution of putative non-functional alleles suggest only two independent events at the origins of Astyanax mexicanus cavefish populations. Maxime Policarpo, Laurent Legendre, Isabelle Germon, Philippe Lafargeas, Luis Espinasa, Sylvie Rétaux, Didier Casane
Article paru dans la revue BMC Ecology and Evolution – Voir sur le site
