Thomas Deneux

cv-thoma-deneux

Thomas Deneux

Département de neurosciences intégratives et computationelles (ICN)
Institut de Neurosciences Paris-Saclay (NeuroPSI)
UMR 9197 / CNRS - Université Paris-Saclay
Bâtiment 32, CNRS, 1 avenue de la Terrasse 91190 Gif-sur-Yvette Cedex, FRANCE

Tel: +33 (0) 169823403
Fax: +33 (0) 169823427

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Responsable du Service Informatique, je développe plus précisément le logiciel scientifique pour le laboratoire UNIC. Je mène en particulier deux projets originaux : le développement d'un robot autonome grâce à des algorithmes d'intelligence artificielles, et le projet Xplor pour la visualisation de données multi-dimensionnelles.

alphabot-project

• Fig. 1: Projet robot autonome. (gauche) Plate-forme robotique "AlphaBot". (droite) Architecture du réseau de neurone interne envisagé.

xplor-project

• Fig. 2: Visualisation de trois types de données différentes avec XPLOR: signaux d’activité neuronale, films d’activité à la surface du cerveau, graphes statistiques du chômage.

xplor-project

• Fig. 3: Programme Elphy.

Mes précédentes activités de recherche postdoctorale ont consisté en des travaux expérimentaux sur les dynamiques corticales in vivo, et le développement de méthodes d'analyse de données. Un résumé peut être trouvé dans la présentation suivante
[PPT with movies, 130MB].

Logiciels :

Fastflow
Blood flow estimation from Optical Imaging data based on motion detection of erythrocites inside blood vessels. Matlab-based software described in (Deneux, et al., 2011) and publicly available.

OptImage
Data visualization and analysis for Optical Imaging and 2-photon microscopy data. Matlab-based software commercially available from Optical Imaging, Inc. (http://www.opt-imaging.net/brain_imager/).

MLspike
Method for the extraction of neuronal spiking activity from noisy calcium fluorescence recordings, published in (Deneux, Kaszas et al., 2016). Matlab-based implementation publicly available at github.com/MLspike.

Publications Choisies

> Thomas Deneux, Attila Kaszas, Gergely Szalay, Gergely Katona, Tamás Lakner, Amiram Grinvald, Bálazs Rózsa and Ivo Vanzetta, Accurate spike estimation from noisy calcium signals for ultrafast three-dimensional imaging of large neuronal populations in vivo, Nature Communications 7 : , (2016)

> Philipp Berens, Jeremy Freeman, Thomas Deneux, Nicolas Chenkov, Thomas McColgan, Artur Speiser, Jakob Macke, Srinivas Turaga, Patrick Mineault, Peter Rupprecht, Stephan Gerhard, Rainer Friedrich, Johannes Friedrich, Liam Paninski, Marius Pachitariu, Kenneth Harris, Ben Bolte, Timothy Machado, Dario Ringach, Jacob Reimer, Emmanouil Froudarakis, Thomas Euler, Miroslav Roman-Roson, Lucas Theis, Andreas Tolias and Matthias Bethge, Community-based benchmarking improves spike inference from two-photon calcium imaging data, bioRxiv : , (2017)

> Benjamin Roland, Thomas Deneux, Kevin Franks, Brice Bathellier and Alexander Fleischmann, Odor identity coding by distributed ensembles of neurons in the mouse olfactory cortex, Elife 6 : , (2017)

> Thomas Deneux, Alexandre Kempf, Aurélie Daret, Emmanuel Ponsot and Brice Bathellier, Temporal asymmetries in auditory coding and perception reflect multi-layered nonlinearities, Nature Communications 7 : 12682, (2016)

> Charlotte Deleuze, D Francois, Sébastien Béhuret, Gérard Sadoc, Hee-Sup Shin, Victor N. Uebele, John J. Renger, Régis C. Lambert, Nathalie Leresche and Thierry Bal, T-Type Calcium Channels Consolidate Tonic Action Potential Output of Thalamic Neurons to Neocortex, Journal of Neuroscience 32 (35) : 12228–12236, (2012)