Équipe Andrew Davison

Neuroinformatique

En bref

Notre travail comporte deux fils entrelacées, l'un axé sur des questions précises en neurosciences, l'autre sur l'élaboration de nouveaux outils et approches informatiques pour le partage, la modélisation et la simulation de données en neurosciences, et plus généralement sur l'informatique inspirée par le cerveau. Les outils de neuroinformatique sont essentiels pour nos propres recherches en neurosciences. En faisant l'effort supplémentaire de généraliser et de partager les outils afin qu'ils puissent être utilisés plus largement, nous accélérons le travail des autres, recevons des retours qui augmentent la qualité et la robustesse de notre propre travail, et bénéficions de la contribution des autres.

Notre recherche

Travaillant à l'interface de la physique, de la biologie et de l'informatique, l'équipe de neuroinformatique essaye de comprendre comment les propriétés neuronales, les mécanismes synaptiques et la connectivité interagissent pour donner lieu aux fonctions émergentes des réseaux corticaux et sous-corticaux. Nous utilisons une approche "science ouverte", fondée sur la modélisation et la simulation à grande échelle, le partage des données et le développement d'outils logiciels libres.

Projets clés :

PyNN spécification indépendante du simulateur des modèles de réseaux neuronaux
Neo un modèle de données standard pour l'électrophysiologie, avec prise en charge d'un large éventail de formats de fichiers de neurophysiologie
• Mozaik- Un cadre de workflow intégré pour les simulations neuronales à grande échelle
• Dépôt de données EBRAINS - trouver, partager et réutiliser des données ouvertes en neurosciences
• Human Brain Project Neuromorphic Computing Platform - accès en ligne aux systèmes de calcul neuromorphique BrainScaleS et SpiNNaker.
• Model Validation Framework - outils de validation systématique des modèles par rapport aux résultats expérimentaux
Sumatra Suivi automatisé des expériences numériques, pour une recherche reproductible.

Publications Choisies

> Andrew Davison, Daniel Brüderle, Jochen Eppler, Jens Kremkow, Eilif Muller, Dejan Pecevski, Laurent Perrinet and Pierre Yger, PyNN : a common interface for neuronal network simulators, Frontiers in NeuroInformatics 2 : doi:10.3389/neuro.11.011.2008, (2009)

> Andrew Davison, Automated capture of experiment context for easier reproducibility in computational research, Computing in Science and Engineering 14 : 48-56, (2012)

> Andrew Davison and Yves Frégnac, Learning cross-modal spatial transformations through spike timing-dependent plasticity, J Neurosci 26 : 5604-15, (2006)

> Daniel Brüderle, MA Petrovici, Bernhard Vogginger, Matthias Ehrlich, Thomas Pfeil, Sebastian Milner, A Grubl, K Wendt, Eric Muller, M-O Schwartz, D Husmann de Oliveira , S Jeltsch, J Fieres, M Schilling , P Muller, O Breitwieser, V Petkov, L Muller, Andrew Davison, P Krishnamurthy , Jens Kremkow, M Lundqvist, Eilif Muller, J Partzsch, S Scholze, H Zühl, C MAYR, Alain Destexhe, Markus Diesmann, TC Potjans , Anders Lansner, R Schüffny , Johannes Schemmel and Karlheinz Meier, A comprehensive workflow for general-purpose neural modeling with highly configurable neuromorphic hardware systems. , Biological Cybernetics 104 : 263-296, (2011)

> Andrew Davison, Thierry Brizzi, Domenico Guarino, Olivier Manette, Cyril Monier, Gérard Sadoc and Yves Frégnac, Helmholtz : a customizable framework for neurophysiology data management, Frontiers in Neuroinformatics : , (2013)

Membres de l'équipe

Chef d’équipe

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